1.针状菇：主要表现为子实体上部尖细，菌柄稍粗，呈针状。主要原因是二氧化碳浓度太高，抑制了菌盖的生长。防治方法是：保证良好的通风条件，避免开袋过迟，套袋后每天要进行一次通风换气。
2.提前开伞：子实体还没有充分发育成熟，菌盖却偏大，过早开伞。主要原因是与菌袋质量有关，其次要看是否被细菌、真菌污染，再者与出菇过程中空气、光线、湿度、温度有关，另外还有可能是辅料麸皮含量过低所致。防治办法是：严把灭菌、接种关，出菇期空气、光线、湿度协调好，一般品种出菇温度不高于15℃，麸皮含量不低于20％，这样才能使菌丝粗壮、产量高。
3.水菇：所谓“水菇”，是指子实体就像在水中浸泡过一样，呈半透明状，几乎没有商品价值。主要原因是：温度高、喷水太多，水分蒸发慢，水分都存留在子实体上。 防治办法是：喷水次数不应太多，菇房空气湿度应保持在80％左右，定期通风。
4.菌柄基部茸毛联结：子实体基部茸毛多少直接影响到金针菇的商品价值。主要原因是与湿度和空气有关。防治办法是：避免空气湿度过干或过湿，否则就容易产生茸毛；另外，在幼菇期容易出现二氧化碳浓度过高、氧气不足，因此应增加袋内含氧量。
4.菌柄基部茸毛联结：子实体基部茸毛多少直接影响到金针菇的商品价值。主要原因是与湿度和空气有关。防治办法是：避免空气湿度过干或过湿，否则就容易产生茸毛；另外，在幼菇期容易出现二氧化碳浓度过高、氧气不足，因此应增加袋内含氧量。
5.侧生菇：主要表现为子实体不是从培养料表层长出，而是多数都长在菌袋侧壁上。主要原因是：培养料装袋过松，培养料脱离菌袋就极易长出子实体，消耗养分。防治办法是：培养料装袋时一定要松紧一致，尽量使用装袋机，避免出现菌袋过松现象。
