木腐菌是指生活在枯枝朽木上的一类大型真菌，我们常用的有平菇、金针菇、香菇、白灵菇、木耳、等，以下是在生产中常见的几个问题及防治方法。
　　一、菌丝满袋后迟迟不出菇
　　菌袋菌丝生长旺盛，满袋后迟迟不出菇，经2-3个月仍不现蕾。
　　主要原因及解决方法：
　　1、料的碳氮比不适宜，氮素过多，碳素不足，导致营养过旺，菌丝徒长，甚至浓密成一团，结成菌皮，而使生殖生长受到抑制，推迟出菇。对于麸皮、豆饼、玉米粉等含有丰富的氮素，添加时应掌握适量，严格按栽配料配方进行配制；
　　2、菌丝长满后，在温度较高、空气湿度较低的情况下，过早地打开袋口，表面形成一层干燥的后菌膜，使菌蕾不能分化。遇此情况，可用铁丝在菌袋两端戳一个洞，再用小钉耙扒去表面干菌膜，将菌袋浸入25℃以下水中8-12小时，待吸足水分后重新排放架上，给与通风、光照和温差刺激，增加空气湿度，就会很快出菇。
　　二、菌丝未长满袋即会出菇
　　栽培种常遇上菌丝只生长了1/3或2/3时，就出现菌蕾。
　　主要原因：
　　1.菌丝培养阶段环境条件不适应，如培养料过干过湿，装袋时压得太紧，培养基内营养成分差，光线过强，温差较大，酸碱度不适宜；　
　　2.或因菌龄太老，菌丝生活力减退。
　　解决方法：
　　1）创造适宜菌丝生长发育的最佳条件，包括配料、含水量、酸碱度、温度、光照等，都要适合食用菌营养生长的需要；
　　2）选择优质、生活力强的菌种。
　　三、部分料袋只在一端生长菌丝
　　在一个料袋的两端接入同一菌种，往往只有一端菌丝生长良好，另一端则菌丝萎缩死亡。
　　主要原因：
　　1.灭菌灶建造不合理，冷凝水不能沿灶壁回流入锅，而有一部分不规则地流入袋口内，使此端培养料吸水太多，抑制了菌丝的生长；
　　2.料袋紧靠锅壁排放，锅装水太多，互相间空隙太少，使蒸汽循环受阻，冷凝水从灶壁流入袋口，造成此端培养料过湿，影响菌丝生长；
　　3.段袋口扎得过紧，氧气不足，也会使菌丝生长受阻。
　　解决方法：
　　1）灶顶建成圆拱形，使冷凝水能从灶壁回流锅内，料袋排放应与灶壁间有一定距离，以免进水。
　　2）料袋不要排得过挤，以加速水蒸气循环，提高灭菌效果。用橡皮筋或绳扎口的料袋，菌丝定植后要把口松开一些，以增加通气量，避免缺氧而造成菌丝死亡。
　　四、菌袋中间出现大量菇蕾
　　有的菌袋在菇蕾分化期，料袋周围壁内出现大量菇蕾，由于菌蕾受到薄膜袋的挤压不可能长成菌菇，造成营养流失而影响产量。
　　主要原因：
　　1.装料不紧实，料与袋之间有空隙，灭菌时压力过大，涨破料袋或使料袋鼓起；装料或搬运中料袋刺破；
　　2.菌丝生长阶段培养环境不适，如温差过大、光照过强、空气湿度较高等，均会促使料袋中部产生子实体原基。
　　解决方法：
　　1）装料要边装边压实，外紧内松，料与袋壁紧密接触、不留空隙；
　　2）装料搬料要小心，避免料袋破损，蒸料后要缓缓放气；
　　3）培养室应进行避光，保持温度恒定，相对湿度维持在70﹪左右；
　　4）菌种培养室和出菇场地要分开。
　　五、袋栽会出现烧菌现象
　　烧菌是菌袋内菌丝生长环境的温度过高，超过了菌丝生活力范围而造成菌丝死亡现象。大部分的食用菌菌丝生长阶段，当培养料内温度超过35℃时，菌丝生命力将出现减退，超过40℃时就会烧菌。为避免发生烧菌现象，栽培中一定要控制料温不超过35℃。若温度较高，应采取降温措施，打开门窗进行通风、在地面洒冷水。