在食用菌的栽培过程中，食用菌除了受病原体的侵染，不能正常生长发育外，同时还会遇到某些不良的环境因子的影响，造成生长发育的生理性障碍，产生各种异常现象，导致减产及其品质下降，即所谓生理性病害，如菌丝徒长、畸形菇、硬开伞、死菇等。
　　1、菌丝徒长
　　蘑菇、香菇、平菇等栽培时均有发生。在菇房（或菇床）湿度过大和通风不良的条件下，菌丝在覆土表面或培养料面生长过旺，形成一层致密的不透水的菌被，推迟出菇或者出菇稀少，造成减产。菌丝徒长除了与上述环境条件有关外，还与菌种有关。有在原种的分离过程中，气生菌丝挑取过多，常常使母种和栽培种产生结块现象，出现菌丝徒长。
　　在栽培蘑菇的过程中，一旦出现菌丝徒长的现象，就立即加强菇房通风，降低二氧化碳的浓度，减少细土表面湿度，并适当降低菇房温度，抑制菌丝徒长，促进出菇。若土表已出现菌被，可将菌膜划破，然后喷重水，大通风，仍可望出菇。
　　2、畸形菇
　　蘑菇、平菇、香菇等食用菌栽培过程中，常常出现形状不规则的子实体，或者形成未分化的组织块。如栽培平菇时，常常出现由无数原基堆集成花菜状子实体，直径由几厘米到20厘米以上，菌柄不分化或极少分化，无菌盖。原基发生后的畸形菇，则是由异常分化的菌柄组成珊瑚状子实体，菌盖无或者极小。蘑菇、香菇常出现菌柄肥大，盖小肉薄，或者无菌褶的高脚菇等畸形菇。
　　造成食用菌形成畸形菇的原因很多，主要是二氧化碳浓度过大，供氧不足；或覆土颗粒过大，出菇部位低；或光照不足；或温度偏高，或用药不当而引起药害等。根据具体情况采取相应的补救措施。
　　3、玫冠病
　　主要出现在蘑菇上。病菇菌盖边缘上积，在菌盖上表面形成菌褶；有时则在菌盖上形成菌管、菌褶分辨不清的瘤状物。玫冠病往往在最早的几潮菇发生较多。
　　玫冠病主要是化学药品污染所致，如矿物油、杂酚油、酚类化合物，或杀菌剂农药使用过量等产生，在以上方面操作注意即可。
　　4、薄皮早开伞
　　在蘑菇出菇旺季，由于出菇过密，温度偏高（18度以上），很容易产生薄皮早开伞现象，影响蘑菇质量。在栽培中，菌丝不要调的过高，宜将出菇部位控制在细土缝和粗细土粒之间；防止出菇过密，适当降低菇房温度，可减少薄皮早开伞现象。
　　5、空根白心
　　蘑菇旺产期如果温度偏高（18度以上）菇房相对湿度太低，加上土面喷水偏少，土层较干，蘑菇菇柄容易产生白心。在切削过程中，或加工泡水阶段，有时白心部分收缩或脱落，形成菌柄中空的蘑菇，严重影响蘑菇产量和质量。
　　为了防止空根白心蘑菇的产生，可在夜间或者早晚通风，适当降低菇房温度，同时向菇房空间喷水，提高空气的相对湿度。喷水力求轻重结合，尽量使粗土和细土都保持湿润。
　　6、硬开伞
　　当温度低于18度，且温差变化达到10度左右时，蘑菇的幼嫩子实体往往出现提早开伞（硬开伞）现象。在突然降温，菇房空气湿度偏低的情况下，蘑菇硬开伞现象尤甚，严重影响蘑菇的产量和质量。在低温来临之前，做好菇房保温工作；减小室内温差，同时增加菇房内空气相对湿度，可防止或减少蘑菇硬开伞。
　　7、水锈斑
　　多见于蘑菇。菇房通风不良，空气相对湿度超过95%时，菇盖上常有积水，或覆土粒上有锈斑，都会使蘑菇菌盖表面产生铁锈色斑点，影响菇体外观。避免使用带铁锈色的覆土，加强通风排湿，及时蒸发菌盖表面的水滴，可防止蘑菇水锈斑的发生。 
　　8、死菇
　　在蘑菇、香菇、草菇、平菇、金针菇等多种食用菌的栽培中，均有死菇现象发生。尤其是头两潮菇出菇期间，小菇往往大量死亡，严重影响前期产量。
　　造成死菇的原因：
　　一、是出菇过密过挤，营养供应不足；
　　二、是高温高湿，菇房或菇场通风不良，氧化碳累积过量，致使小菇闷死；
　　三、是出菇时喷水过多，且对菇体直接喷水，导致菇体水肿黄化，溃烂死亡；
　　四、是用药过量，产生药害，伤害了小菇。